青海是格鲁派创始人宗喀巴大师的故乡。
大师自16岁离开青海前往西藏求学佛法，直至圆寂，一直没能再回故乡。大明永乐七年（公元），宗喀巴大师在拉萨主持修建了甘丹寺，标志着藏传佛教格鲁派的正式创立。之后，格鲁派在整个藏区兴盛。在青海境内，格鲁派寺院主要集中在东部河湟地区，首当其冲的是宗喀巴大师诞生地所在的塔尔寺，为格鲁派六大寺院之一。
其他具有代表性的寺院，是以建筑规模、僧众人数或与宗喀巴大师的渊源等角度为主线，并非正规的寺院排名。
塔尔寺塔尔寺：藏语音译“衮本贤巴林”，意为十万佛像弥勒洲。位于青海省西宁市湟中县鲁沙尔镇西南隅的莲花山坳中，藏传佛教格鲁派创始人宗喀巴大师的诞生地。塔尔寺以规模而言，在格鲁派六大寺院位居第二，是青海境内最大的格鲁派寺院。
佑宁寺佑宁寺：原名郭隆寺。藏语音译“郭隆弥勒洲”。在清朝康雍年间，青海蒙古族首领罗卜藏丹津起兵叛乱事件中，毁于兵燹。后于雍正十年（年）修复，雍正帝赐名佑宁寺。位于青海省海东市互助县五十乡，是整个湟水北岸规模最大的格鲁派寺院，故有湟水北岸诸寺之母的称号。
佑宁寺土观和章嘉活佛，在清代均封为呼图克图，位列七大呼图克图。
瞿昙寺瞿昙寺：位于青海海东市乐都区瞿昙乡，始建于明洪二十五年（年），原为噶玛噶举派寺院。明朝末年格鲁派兴起后，瞿昙寺改宗格鲁派。瞿昙寺建寺之初和大明皇家有着密切联系，是由于该寺创建人劝说河湟藏族各部不可依附叛军，被朱元璋所倚重。洪武二十六年（年），明太祖朱元璋赐名瞿昙寺，瞿昙寺建筑因仿北京紫禁城太和殿而被称为高原小故宫。
夏琼寺夏琼寺：位于青海省海东市化隆县查甫乡，始建于元至正九年（年）。夏琼寺的创建者曲结顿珠仁钦，是宗喀巴大师的皈依师。宗喀巴7岁时，被家人送到夏琼寺，依曲结顿珠领沙弥戒，取法名罗桑扎巴。宗喀巴在这里学习了9年佛法，直至16岁时前往西藏。
夏琼寺初建时属于噶丹派，格鲁派兴起后，改宗格鲁派。
夏宗寺夏宗寺：位于青海省海东市平安区寺台乡瓦窑台村，也就是即峡群林场内。所以在当地，夏宗寺又被称为峡群寺，极易和夏琼寺混淆。始建于元末。年，噶玛噶举派四世活佛若贝多杰奉召赴大都，途经平安时，在该寺驻足，时年三岁的宗喀巴被其父领到该寺受戒，这是夏宗寺在青海具有尊崇地位的缘由。
金塔寺金塔寺：金塔寺位于青海省西宁市南大街金塔巷，是塔尔寺驻西宁办事处。金塔寺规模不大，是一个汉藏风格的小院落。就目前整个西宁市区而言，金塔寺是唯有的格鲁派寺院。
隆务寺隆务寺：位于青海省黄南藏族自治州同仁县隆务镇西山。同仁县是青海唯一的全国历史文化名城，是热贡艺术的发源地。
隆务寺最早修建于元大德五年（年），属萨迦派。公元年前后，当地僧侣散木丹仁钦和他的弟弟罗哲森格，为了弘扬格鲁派，决定重修隆务寺，并由此该宗格鲁派。该寺于清雍正十二年（年）建立密宗学院，清乾隆三十八年（年）创建时轮学院，从而发展成显密双修的格鲁派大寺。在甘青地区，规模、地位和影响力仅次于塔尔寺和拉卜楞寺。